Федор Алексеевич был образованным человеком, знал древнегреческий и польские языки, увлекался музыкой, сам сочинил несколько песнопений. Его учителем был известный Симеон Полоцкий.

В царствование Федора Алексеевича происходила борьба за влияние в правительстве и смена различных группировок — устранение Нарышкиных и А.С.Матвеева, возвышение И.М.Милославского, Ю.Г.Долгорукова и Я.Н.Одоевского, а с конца 1679 — И.М.Языкова, А.Т. и М.Т.Лихачевых и В.В.Голицына.

Правительством Федора Алексеевича был предпринят ряд попыток осуществления реформ: в 1678 проведена общая перепись населения и в 1679 введено подворное обложение; в 1682 уничтожено местничество и в связи с этим сожжены разрядные книги; в целях централизации управления некоторые смежные приказы объединялись под руководством одного лица.

Сложность жизни и налоговое бремя вызывали недовольство населения, что привело в частности к Московскому восстанию 1682 года.

Во внешней политике правительство готовилось к войне со Швецией, которой помешало турецкое вторжение на Украину и русско-турецкая война 1676-1681. Война закончилась Бахчисарайским мирным договором 1681 года, по которому Турция признала переход Левобережной Украины к России.

Неожиданная смерть из-за болезни прервала это царствование. Впереди было регентство царевны Софьи, стрелецкие бунты и правление Петра I, который во многом продолжил реформы, задуманные его отцом и старшим братом, но с несвойственными тем радикальностью и жестокостью.